生物自净作用是整个水体或土壤通过好气性微生物和其他生物对有机污染物质的生物降解作用。通过生物降解作用，消耗溶解氧，产生简单的无机化合物，把它们释放到外界环境中，从而使环境得到净化。当有机污染负荷过量时，溶解氧消耗殆尽，自净作用在嫌气条件下进行，此即腐败过程。
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